Le 22 juillet 2004, le Premier ministre Jean-Claude Juncker a félicité José Manuel Durão Barroso de son investiture à la tête de la Commission européenne.
Dans un message adressé au futur président, élu le 22 juillet 2004 par la majorité des suffrages du Parlement européen, le chef du gouvernement luxembourgeois a déclaré: "Je suis convaincu que vous saurez présider aux affaires de la Commission européenne avec la compétence, le dynamisme et la doigté qui vous sont propres et que j’ai pu apprécier tout au long de votre mandat de Premier Ministre."
Jean-Claude Juncker et José Manuel Durão Barroso le 29 juin 2004 à Bruxelles
Se référant à la Présidence du Conseil de l'Union européenne que le Luxembourg assumera à partir du 1er janvier 2005, le Premier ministre a par ailleurs exprimé sa confiance en une "étroite collaboration avec la Commission européenne et son Président dans une atmosphère à la fois amicale et professionnelle".
La désignation de José Manuel Durão Barroso à la tête de la Commission européenne avait été entérinée le 29 juin 2004, lors de la réunion des chefs d'État ou de gouvernement des 25 États membres de l'Union européenne à Bruxelles. À cette occasion, Jean-Claude Juncker avait déclaré à l'égard de son homologue portugais: "Il a le sens de l'équilibre, une bonne connaissance de l'Europe, de ses subtilités, de ses complications. Il vient de la périphérie Sud. Sa nomination à la tête de la Commission européenne a valeur de message à l'heure de l'élargissement vers l'Est. Il ne faut pas oublier les pays du Sud."
Le nouveau président de la Commission européenne succèdera à partir du 1er novembre 2004 à Romano Prodi. Il a annoncé vouloir présenter la composition de la Commission dans la semaine du 23 août 2004.
Membre luxembourgeois de la Commission
En accord avec le Président de la Commission européenne, José Manuel Durão Barroso, le Premier ministre luxembourgeois Jean-Claude Juncker a proposé de nommer Madame Viviane Reding, commissaire européenne sortante, au poste de membre luxembourgeois de la Commission européenne.