Le 24 novembre 2006, Claude Wiseler, ministre des Travaux publics, Serge Hoffmann, président du Fonds de rénovation de la Vieille Ville, et Pierre Mores, président du Conseil d’État, ont procédé à l’ouverture officielle du bâtiment du Conseil d’État rénové.
À la demande du Conseil d'État et avec l'accord du Conseil de gouvernement, le Fonds de rénovation de la Vieille Ville a procédé à un réaménagement complet du bâtiment existant et à un agrandissement notable des surfaces grâce à la rénovation d'une partie de l'ancienne clinique St-Joseph et à la construction de deux nouvelles ailes du côté boulevard Thorn.
Le chantier s'est déroulé en deux phases, dont la première a permis de créer les nouveaux espaces et de libérer ainsi le bâtiment d'origine.
La deuxième phase s'est poursuivie en respectant l'architecture et le décor des années 50, par la réhabilitation de l'hôtel du Conseil d'État dans son intégralité.
La superficie totale du Conseil d'État passe de 1.023 à 2.335 m2.