Franco Frattini et Luc Frieden se sont d'abord rendus à la frontière orientale entre la Pologne et l'Union européenne, au point de passage frontalier de Korczowa, avant d'inaugurer ensemble l'Agence en s'adressant aux participants à la deuxième réunion du conseil d'administration de l'Agence.
"Grâce à cette agence", ont déclaré le vice-président Franco Frattini et le ministre Luc Frieden, "nous sommes enfin dotés, au niveau européen, d'un mécanisme de coopération opérationnelle efficace pour les garde-frontières nationaux. Cette visite à la frontière orientale a encore renforcé notre confiance dans la capacité que nous avons de créer et de maintenir un espace de liberté, de sécurité et de justice pour tous ceux qui vivent dans l'UE. Le spectre du terrorisme international, les tragédies humaines que vivent les victimes de la traite des êtres humains et les conséquences tout aussi graves que douloureuses de l'immigration clandestine vers l'UE sont autant de rappels de la nécessité, pour nous, de faire davantage afin de lutter contre les menaces, nombreuses et variées, qui guettent cet espace".
Le vice-président Franco Frattini a ajouté: "Les citoyens européens attendent légitimement de notre part des solutions efficaces à ces problèmes de sécurité, mais il faut que celles-ci respectent toujours pleinement les droits de l'Homme et préservent l'intégrité de l'espace commun de libre circulation instauré par la coopération Schengen."
"L'Agence Frontex", a aussi déclaré Luc Frieden, "sera un important moyen de coopération opérationnelle entre les garde-frontières des États membres, qui joindront leurs efforts dans des opérations communes aux frontières extérieures de l'UE. Il s'agit d'un progrès notable dans la voie d'un système intégré de gestion des frontières extérieures. Outre son rôle important pour l'UE au niveau interne, l'Agence deviendra un pôle de coopération avec les pays tiers en matière de contrôle aux frontières, qu'il s'agisse des pays voisins ou de partenaires stratégiques au niveau mondial".
L'Agence coordonnera/assistera les services des États membres qui sont compétents pour la mise en œuvre de l'acquis de Schengen sur le contrôle des personnes aux frontières extérieures (services de garde-frontières nationaux).
Le 25 mai 2005, le conseil d'administration de l'Agence Frontex s'est réuni pour la première fois à Varsovie. Il a adopté son règlement intérieur et élu comme président le commandant en chef de la maréchaussée royale néerlandaise, Minze Atte Beuwing. Le général de division, Jozsef Bendek (Hongrie) a été élu vice-président. Parmi la courte liste des candidats retenus par la Commission, le conseil d'administration a nommé le colonel Ilkka Laitinen (Finlande) directeur exécutif de l'Agence.
La décision d'installer la nouvelle Agence européenne de gestion des frontières extérieures à Varsovie a été prise le 14 avril 2005 lors du Conseil "Justice et affaires intérieures" sous la présidence de Luc Frieden. À cette occasion, Luc Frieden a exprimé "la grande satisfaction de la Présidence qu’un accord unanime ait été trouvé après une consultation intensive que le siège de la nouvelle Agence européenne pour la gestion de la coopération opérationnelle aux frontières extérieures des États membres de l’Union européenne sera établi à Varsovie".
L’Agence européenne de gestion des frontières extérieures vise, selon le règlement adopté le 26 octobre 2004 par le Conseil, "à faciliter l’application des mesures communautaires existantes ou futures relatives à la gestion des frontières extérieures en assurant la coordination des dispositions d’exécution correspondantes prises par les États membres".